管理工作是重点实验室建设的重要环节。本实验室根据国家重点实验室“开放、流动、联合、竞争”的运行和管理要求，在运行管理方面做到：在遵守国家和大学制定的规定基础上，还要做好实验室内部的规章制度建设，使重点实验室管理工作科学化、民主化、制度化、规范化。
制定了《学术委员会工作条例》、《实验室开放研究基金管理办法》、《关于发表学术论文、参加高水平学术会议的规定》、《论文归档管理规定》、《重点实验室周报、月报管理方法》、《重点实验室机房管理规定》、《重点实验室科研经费统筹管理》、《重点实验室科研经费管理和财务报账管理制度》、《重点实验室业余活动和体育运动资助管理》、《优秀论文奖励办法》等十项规章制度，做到有章可依，按章办事；建立重点实验室、研究室与课题组分工负责的分层管理体系，重点实验室的重大决策，都通过召开重点实验室主任扩大会议共同讨论决定，保证重点实验室的正常而有效的运转。
同时，重点实验室每年出版《年报》，对重点实验室在各方面的进展和问题进行总结，从而确定来年发展思路；注重发挥学术委员会的学术指导作用。每年定期召开学术委员会，重点实验室《年报》也按期发送给每个学术委员会委员，征求意见和建议，以保持重点实验室研究方向与研究内容的先进性；注重重点实验室文化建设，利用展板的形式，展示重点实验室人才培养、科学研究成果、文化交流的风采。定期举办做到实验室学术沙龙，促进重点实验室成员进行更广泛的学术交流和凝聚力；每年为重点实验室新生举办欢迎会和为毕业生举办欢送会；积极组织重点实验室成员的各种文体活动；积极探索重点实验室建设和发展的新模式，经教育部批准，在香港中文大学设立分实验室；重点实验室形成并保持了良好的科研氛围和学术风气，没有违反学术道德的事件发生。